目的探讨胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors,GIST）中c-Kit/PDGFRA基因突变与临床病理特征、免疫表型及预后的关系。方法采用直接测序法检测185例GIST标本中c-Kit和PDGFRA基因突变类型。结果 c-Kit基因突变中,外显子11突变最常见,以缺失突变、点突变及混合突变为主,并见3例双外显子突变。外显子9在小肠GIST中的突变率显著高于胃GIST,且均为A502-Y503串联重复突变,提示小肠GIST有独特的基因型。PDGFRA在上皮样细胞型和混合细胞型GIST中的突变率显著高于梭形细胞型GIST。c-Kit基因外显子11缺失突变的中高危GIST易出现术后复发转移,且复发转移患者中发生二次突变率较高,表现为c-Kit基因外显子13、14、17或18点突变,以13号外显子V654A最为常见。CD117和DOG1的表达与基因突变之间无相关性,不能作为预测疾病基因突变的指标。单因素分析结果显示,肿瘤直径、核分裂象、Ki-67增殖指数、危险程度分级、术后复发和转移是影响GIST预后的重要因素,术后靶向药物治疗可一定程度改善预后。c-Kit基因外显子11缺失突变和外显子9突变的GIST患者预后较差。结论 c-Kit基因9号外显子在小肠GIST中突变率较高,PDGFRA基因在上皮样细胞型和混合细胞型GIST中突变率较高。c-Kit基因外显子11缺失突变的中高危GIST易发生二次突变导致术后复发转移,外显子11缺失突变可作为GIST预后不良的独立影响因素之一。