目的研究不同来源肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae,SP）携带毒力基因ply、lytA和nanA的状况及其致病情况。方法从2015年—2016年武汉同济医院住院患儿痰液和血液标本分别分离147、24株SP,经全自动微生物鉴定仪VITEK Compact-2进行鉴定,然后用普通聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）法检测SP特异基因pbp2B进行进一步确认,再用PCR法检测毒力基因ply、lytA和nanA的携带情况,并统计患者的病死率和住院天数。结果 147株痰液分离的SP携带毒力基因ply、lytA和nanA的阳性率分别为95.9%、96.6%和88.4%,而24株分离自血液的SP阳性率分别为100.0%、100.0%和79.2%。147例肺炎患者和24例败血症患者的病死率[8.3%（2/24）vs. 0.7%（1/147）,P=0.052]比较,差异无统计学意义,住院天数[（14.2±2.4）vs.（6.4±1.5）d,t=21.303,P(0.001]比较,差异有统计学意义。结论 SP毒力基因nanA的阳性率低于ply、lytA。不同来源SP携带毒力基因ply、lytA和nanA的阳性率趋于一致。不同的SP感染类型会导致住院天数的显著差异。