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非小细胞肺癌顺铂耐药相关微小RNA的生物信息学分析

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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-E ◇ 中华系列

单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院胸外科 [2]甘肃省人民医院胸外科
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关键词: 微小RNA 顺铂耐药 生物信息学分析 非小细胞肺癌

摘要:
目的筛选非小细胞肺癌(NSCLC)顺铂耐药相关微小RNA(miRNA,miR)并分析其生物学功能。方法从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索并下载与非小细胞肺癌顺铂耐药相关的miRNA芯片数据,并通过Targetscan和miRanda预测miRNA的靶基因,对靶基因行基因本体(GO)生物学进程分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI);进一步对KEGG通路行网路分析,并结合与顺铂耐药存在显著相关性的miRNA,构建miR-KEGG网路。组间数据比较采用t检验。结果共筛选到GSE84200、GSE43249和GSE56036 3个数据库,总计23个与顺铂耐药相关的miRNA。Targetscan和miRanda共同预测的靶基因共计914个。GO功能富集分析表明这些基因主要以蛋白结合,信号传导和正性调节基因转录等生物学过程相关。KEGG通路分析显示这些基因主要参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)等信号通路。PPI网路分析结合关键基因分析显示p53为关键基因。miR-KEGG网络分析显示miR-195-5p和miR-424-5p在顺铂耐药中发挥重要作用。结论 miR-195-5p和miR-424-5p可能在顺铂耐药中发挥重要作用,生物学分析预测有助于进一步认识miRNA在非小细胞肺癌顺铂耐药中的功能。

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第一作者单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院胸外科
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