目的通过对叶酸代谢相关基因的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）与环境危险因子交互作用的关联分析,寻找神经管缺陷（neural tube defects,NTD）致病基因及环境危险因素。方法收集NTD流产胎儿组织标本或患儿血标本（n=278）及其正常双亲的血标本（n=478）,记录母亲围孕期补充叶酸、糖尿病、服药史等情况。采用CEQ 8800系统进行多重SNP分析,对所有样本叶酸代谢相关的12个基因共28个SNP测序。通过病例-双亲对照研究及传递/不平衡检验,分析SNP与环境危险因子（孕期补充叶酸、母亲糖尿病、孕期服药史）的交互作用对NTD发病的影响。结果亚甲基四氢叶酸还原酶（基因为MTHFR）rs1801133与NTD的关联具有统计学意义,而且环境风险因子（未补充叶酸、母亲糖尿病）对NTD的发生起增效作用;而甜菜碱同型半胱氨酸甲基转移酶（基因为BHMT）rs3733890仅在未补充叶酸层与NTD存在连锁不平衡,基因型本身并不能单独导致疾病;而其他基因的SNP与NTD的发生没有显著关联。结论 MTHFRrs1801133是NTD的危险因子,而BHMT rs3733890不是NTD的独立危险因子。未来尚需要对更大的样本进行基因与基因、基因与环境交互作用的研究以探讨NTD的发病原因。