摘要:
目的分析胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)核心基因及其相关信号通路,为GBM早期诊断、分子治疗及预后评价提供候选靶点。方法检索、整理TCGA数据库中神经胶质母细胞瘤的表达谱芯片RNA-seq Level-3数据,利用R软件中edgeR包筛选具有显著表达差异的基因(differentially expressed genes,DEGs)。运用DAVID数据库对DEGs进行GO注释和KEGG富集分析;利用STRING网络在线工具进一步建立蛋白互作网络(PPI)并进行Cytoscape可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因(hub gene);最后,结合R2数据库分析TP53、WNT5A、VAMP8等核心基因的表达与GBM生存预后的关系。结果 TCGA数据库分析显示GBM中显著表达差异的基因共10144个,其中表达上调基因5153个,表达下调基因4991个;GO和KEGG富集分析显示,表达上调基因主要涉及细胞周期、有丝分裂、细胞增殖和p53等生物学功能和通路,表达下调基因的功能与通路主要富集于突触传递、神经递质释放和MAPK信号通路等;Cytoscape可视化显示PPI网络中12个核心基因表达异常与GBM的发生发展密切相关。R2数据库检索发现TP53、WNT5A、VAMP8高表达组患者预后更差;SH3GL2高表达组患者生存明显优于低表达组。结论差异基因所富集的生物学功能和KEGG信号通路可能揭示了参与GBM发生发展的分子机制,其核心基因TP53、WNT5A、VAMP8、SH3GL2有望作为GBM患者早期诊断、治疗及预后判断的重要靶点。