目的:建立一种宏基因组二代测序（mNGS）DNA流程检测BALF标本的性能确认方法。方法:以Hela细胞代表宿主细胞，向无菌生理盐水中加入不同浓度Hela细胞、7种病原体（肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒）和干扰物质制备模拟BALF标本，同时收集临床BALF标本，以传统检测方法为参比方法，评价mNGS检测结果，确定mNGS的最低检出限、精密度、抗干扰能力、稳定性和准确度。结果:模拟标本中，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、白色念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和腺病毒7种病原体的最低检出限分别为150、262、102、67、96、83 CFU/ml和439 拷贝/ml。模拟阳性标本中所有病原体重复检测结果符合率均为100%。抗干扰试验结果显示，人源核酸浓度越高，mNGS检出病原体序列数越少。以大肠埃希菌和宋内志贺菌评价mNGS对近源物种分辨能力，结果显示，当宋内志贺菌浓度为4 000 CFU/ml时，该系统能稳定分辨大肠埃希菌和宋内志贺菌。稳定性试验结果显示，标本进行1、2、3次冻融或在4 ℃、-20 ℃、-80 ℃放置36 h后病原体序列数无明显变化。与传统检测方法相比，17份临床标本的初步准确度为82.4%（14/17）。2021年10月25日至2022年9月14日同济医院同时进行mNGS和传统方法检测的临床BALF标本的持续评估结果显示，mNGS相对细菌培养、真菌培养、分枝杆菌培养、结核分枝杆菌培养和常规PCR技术的准确度分别为67.5%（472/699）、81.5%（570/699）、92.3%（335/363）、96.4%（350/363）和86.8%（132/152）。与常规PCR技术比较，mNGS检测耶氏肺孢子菌、腺病毒、肺炎支原体的准确度分别为89.4%（84/94）、93.3%（56/60）和87.1%（61/70）。结论:通过制备模拟BALF标本以及以传统检测方法为参比方法，可以初步评价mNGS检测BALF标本的性能特征。